Serafimerordens ledning
När hospitalet i Visby mot 1700-talets slut ställdes under serafimerordens ledning gjordes de sista försöken att genom försäljning och rivning ta till vara det ekonomiska värdet hos kyrkoruinerna. S:t Nicolai undgick direkt skadegörelse ända fram till 1795, då borgmästare Grevesmühl lät bryta stora mängder huggen sten från kyrkoruinens portaler och från korets strävprelare. Stenen användes vid uppförandet av hans egendom Länna gård öster om Visby (gårdens revs 1971 för att ge plats åt Säveskolans gymnasium).
Kring sekelskiftet 1700-1800 inträdde en förändring beträffande synen på ruinerna; en elegisk ruinromantik och ett nytt antikvariskt engagemang trädde gemensamt till ruinernas försvar. Nu började också den professionella kulturminnesvården uppmärksamma kyrkoruinerna i Visby.
S:t Nicolai ruin i Visby från väster resp. öster. Efter akvareller av M G Anckarswärd 1826. Original i Gotlands Museums samlingar.
Ruinerna fridlyses
1805 fridlystes ruinerna, 1807 sändes en J W Gerss på överintendentsämbetets befallning till Visby för att uppmäta och avteckna ruinerna. Om S:t Nicolai inleder han sin redogörelse: ”Denna Ruine, hwilken är belägen längst Norr i Wisby, uti den sämst bebygde trackt, utmärker sig framför de öfrige, genom dess storlek.” En rapport med förslag till erforderliga åtgärder upprättades 1808 och 1810 ställde Kungl. Maj:t ett anslag till länsstyrelsens förfogande för ruinernas vård.
Under de följande decennierna gick det dock trögt med alla stolta planers förverkligande. Ruinerna var visserligen räddade från rivning och grövre åverkan, men vanvården och förfallet fortsatte. 1851 beskriver P A Säve ruinen så här: ”Kyrkan har länge och först av alla varit väl vårdad, senast genom (landshövdingen) von Hohenshusens välvilliga omsorg, och är på södra sidan omgiven av en städad trädgård med valnöt och mullbärsträd och är södra kyrkväggen nu rikt bevuxen med vinrankor och murgröna” – ”Valven med sin gräsvall, sina buskar, oxelträd och kullar på valvkuporna äro ett slags promenad i det gröna med härlig utsikt.”
1800-talets utgrävningar
En omfattande upprustning genomfördes emellertid 1884-85. Nu behandlades murkrönen och valvkuporna med cement, två av valven i mittskeppet återställdes, gördelbågar i mittskeppet och sidoskeppen kompletterades och förstärktes; trappuppgången i norra muren reparerades och förbättrades och masverket i sydfasadens rundfönster förstärktes med cement. Norra portalen fick nya sidostycken och järngrindar och korets fönster och strävpelare kompletterades med nya stenblock. 1886 planerades sedan marken i ruinen och täcktes med strandgrus.
Arkelogiska utgrävningar
1912-13 gjordes arkeologiska utgrävningar under kyrkans golv. Förnyande undersökningar gjordes på 1930-talet, varvid kyrkans utvecklingsfaser kunde klarläggas. Några gravar påträffades också.
Efter ett ras på 1920-talet förstärktes ruinens valv. 1949 täcktes det stora hålet i mittskeppets andra valv från väster med den enkla träkonstruktionen som ännu finns kvar och 1958 konserverades korpartiet, genom fogning och avtäckning av krönen med cement. Tympanonfältet över sydvästportalen konserverades 1991. Under 1990-talet täcktes mittskeppets valvkupor med blyplåt och övriga takpartier med plastmatta och torv.